本學系於平易近國76年(1987年)正式建立，係奠定於平易近國55年(1966年)即已建立的「盲生就讀國資平易近學校夾雜計畫師資訓練班」 之特教師資培養，該師資班培養視覺障礙學生輔導員，台南大學想見你為國內最早的特殊師資培養單位。本學系建立十多年後並陸續開設 「特殊碩士班」、台南大學臺南大「輔助科技鑽研所」與「重度障礙鑽研所」，台東包車台南大學官網培養高階專精與鑽研人才；更於平易近國97年(2008年)開設博士班，學特殊教育學系 成為國內第四所供給博士課程之特殊學系。